La localisationL'organisation du suivi de l'ours brun a été confiée à l'office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) par le ministère en charge de l'environnement depuis 1983.
Il repose sur la mise en place d'un réseau composé de membres répartis sur l'ensemble des Pyrénées, le réseau ours brun, animé par l'équipe technique ours. Ces membres sont spécialement formés pour identifier des indices d'ours et appliquer les protocoles de suivi. Ils sont issus de différentes structures (office national des forêts, ONCFS, parc national des Pyrénées, membres de l'institution patrimoniale du Haut Béarn, fédérations départementales des chasseurs, membres d'associations, administrations, particuliers) et sont impliqués de façon occasionnelle dans le suivi de l'ours.
En complément de ce réseau a été mise en place une structure de permanents, l'équipe technique ours de l'ONCFS. Cette équipe est une équipe partenariale, qui intègre des techniciens des fédérations des chasseurs de l'Ariège, de la Haute-Garonne, des Hautes-Pyrénées, et de l'ONF au sein de son pôle chargé du suivi. Elle comprend également des employés de l'association pour la cohabitation pastorale au sein de son pôle pastoral. Elle élabore les protocoles de suivi, assure la coordination du réseau ours brun, centralise les données et réalise les synthèses. Elle apporte un soutien au monde de l'élevage confronté à la présence de l'ours ainsi qu'un appui technique pour la mise en place des mesures de protection des troupeaux et ruchers contre les attaques d'ours.
Il y a 5 méthodes principales, selon les objectifs fixés et le type d'échantillonnage :
Toute l'année, tout type d'indices de présence d'ours (prédation, poils, crotte, trace, observation visuelle, griffade, couche, photo automatique...) est relevé sans plan d'échantillonnage précis par des membres du réseau ours brun, ou par des particuliers et validé par un membre du réseau. Cette méthode permet de déterminer surtout l'aire de distribution de l'ours brun dans les Pyrénées.
Il est opéré au printemps dans les zones de présence régulière des ours. Ce suivi consiste : - à suivre 1 fois par semaine pendant un mois et demi des itinéraires répartis de façon homogène sur la zone à ours ; - à faire une recherche simultanée d'indices d'ours, début mai, en parcourant pendant 3-4 jours en même temps tous les itinéraires. Cette opération, qui nécessite des moyens humains importants, n'était menée jusquà la fin de l'année 2004 que dans le noyau d'ours de souche pyrénéenne situé dans les vallées d'Aspe et d'Ossau pour disposer de données précises concernant cette sous-population. Ce suivi permet de déterminer un indice d'abondance, un nombre minimum d'individus différents et la tendance de la population.
Après capture et équipement d'un émetteur, les ours sont suivis individuellement pendant toute la durée de vie des émetteurs. Il sagit d'un suivi intensif avec environ une localisation tous les 2 jours. Depuis 1996, six individus différents ont été équipés d'un émetteur. Ce suivi permet une analyse fine du comportement individuel (déplacement, dormance hivernale, utilisation/sélection de l'habitat, prédation). Actuellement aucun ours n'est équipé d'émetteur.
L'analyse est effectuée par un prestataire de service (laboratoire de génétique des populations d'altitude, CNRS Grenoble) à partir des échantillons de poils et crottes récoltés sur le terrain. Les échantillons sont collectés soit lors des suivis intensifs ou extensifs, soit dans le cadre d'un suivi de « piège à poils » mis en place depuis 2004 selon un échantillonnage stratifié : 1 piège à poils/ 64 km2 en zone de présence régulière des ours et 1 piège à poils /121 km2 en zone de présence occasionnelle ou potentielle d'ours. Cette méthode permet d'estimer l'effectif de la population, certains paramètres démographiques, et de définir les sexes et les filiations des individus. Elle contribue aussi au suivi dans le temps des individus.
Un suivi individuel est effectué par identification à partir des mesures d'empreintes et/ou de photographies automatiques. Cette méthode, couplée avec la génétique, contribue à estimer l'effectif de lapopulation et à affiner certains paramètres démographiques. 
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